Contraint à la guerre, Bonaparte imagine une nouvelle campagne d'Italie, beaucoup plus téméraire que la précédente. Il constitue une armée de réserve à Lyon puis il confie au général Moreau l'action principale de son plan, c'est-à-dire l'attaque de l'Autriche par le sud de l'Allemagne. Pendant ce temps, Bonaparte passera les Alpes par le col de Saint-Gothard, puis enveloppera l'armée autrichienne et fondra sur ses arrières. Mais Moreau, effrayé par cette double man½uvre, refuse de l'exécuter.
Pendant ce temps, l'Autriche maintient son armée d'Allemagne sur la défensive et concentre tout son effort sur l'Italie. Le général autrichien Melas, coupe l'armée française d'Italie en deux : il assiège Gênes, où Masséna est bloqué, tandis que Suchet est rejeté dans le Var. Bonaparte décide, après ces événements, de faire de l'Italie son champ principal de la guerre. Il conçoit une nouvelle man½uvre : il occupera, sur la route de Plaisance à Gênes, le défilé de la Stradella et contraindra ainsi les Autrichiens à la retraite pour couvrir Milan.
Le retard de Moreau, qui doit faire diversion, mais surtout la dureté du siège de Gênes, où l'armée de Masséna est décimée par la famine et les épidémies, obligent Bonaparte à franchir les Alpes par le chemin le plus court, mais aussi l'un des plus difficiles : le Grand-Saint-Bernard. Le 23 mai, le passage est terminé. Le 2 juin le Petit Caporal entre à Milan, mais le 4 Masséna capitule à Gênes. Bonaparte doit encore changer de plan de campagne.
Pour éviter une jonction des Autrichiens avec les Britanniques, attendus à Gênes, Bonaparte doit accrocher Mélas entre Novi et la côte. Le 13 juin, il n'a toujours pas localisé le gros de l'armée ennemi. Il disperse donc le lendemain son armée à différents points stratégiques. Deux divisions sont envoyées en reconnaissnce : La division Lapoype sur la rive gauche du Pô, et au sud la division de Desaix. Quelques heures plus tard, les Autrichiens franchissent la Bormida, par deux ponts que les Français n'ont étrangement pas détruits. Pendant la nuit du 13 au 14 juin, les Autrichiens bivouaquent en face des troupes françaises avec interdiction de faire du feu.
Les Autrichiens alignent 3 corps d'armées. O'Reilly, avec 3 000 hommes, est situé à droite. Au centre se trouve Mélas, avec 20 000 hommes. Enfin, situé à gauche, 7 600 hommes sont sous le commandement de Ott. Soit 30 600 hommes dont 7 500 cavaliers. Ils rassemblent environ 180 canons.
Bonaparte, privé d'artillerie et de 15 000 hommes envoyés en reconnaissance, dispose de 24 000 hommes (composés du corps de Victor, de Lannes, de Monnier et de la Garde consulaire) plus 3 700 cavaliers (sous les ordres de Kellermann). Les Français disposent de 15 canons
L'armée autrichienne se déploie la première, dès 8 heures du matin, mais très lentement. L'armée française, mal réveillée et ne s'attendant pas à être attaquée n'est ni déployée ni en ordre de le faire, s'échelonne dans la plaine de Marengo, dans le Piémont. L'artillerie autrichienne intervient, détruit son homologue française en moins d'un quart d'heure puis s'attaque aux lignes d'infanterie, creusant des trous sanglants dans les rangs français. Les troupes autrichiennes avancent lentement puis enfin, les Français répliquent à bout portant. Les assaillants reculent, les Français chargent mais 100 mètres plus loin, ils doivent s'arrêter à cause d'un profond fossé. De l'autre côté, les Autrichiens se regroupent et attaquent. Pendant plus de trois heures, Français et Autrichiens se fusillent à vingt pas.
A midi, les Français tiennent toujours Marengo, malgré l'intervention de la cavalerie autrichienne.
A deux heures, les Français manquant de munitions, les boulets faisant des ravages chez une infanterie privée de soutien, ils battent en retraite. Victor, à gauche du dispositif français, recule en bon ordre. Lannes, au centre, risquant de se faire encercler, bat lui aussi en retraite. La situation de l'armée est délicate et Bonaparte intervient lui-même au milieu des troupes pour leur redonner courage. La retraite est protégée par les charges de la cavalerie de Champeaux, qui est tué à la tête de ses hommes, de Kellermann et enfin de la Garde consulaire.
Vers 15 heures, le front français s'échelonne sur plus de 6 km, entre Villanova, où la Garde consulaire fait des prodiges, et Son Giuliano Vecchio. Mais, pour l'armée française, l'affaire n'est pas loin de tourner au désastre, et les Autrichiens pensent déjà la victoire acquise. A tel point que leur chef, le maréchal Mélas, légérement blessé (son cheval est mort sous lui à deux reprises), quitte le champ de bataille et se précipite à Alexandrie (à environ 15 km de Marengo) pour annoncer sa victoire à l'empereur d'Autriche. Il laisse à Zach la tâche de finir avec l'ennemi, sûr de son succès.
S'inquiétant pour son chef qu'il admire,Desaix envoyé en éclairage avec 10 000 hommes, prend sur lui de désobéir aux ordres et de revenir sur ses pas, guidé au son du canon. Ce renfort sauve l'armée française d'une défaite humiliante. Bonaparte avait envoyé un contre-ordre aux deux généraux partis en avant. Le contre-ordre n'arrive qu'à 22 heures dans les mains de Lapoype, par contre Desaix reçoit le sien rapidement puisque ne l'ayant pas attendu pour marcher vers le champ de bataille. Le contre-ordre adressé à Desaix l'est dans ces termes :
« Je croyais attaquer l'ennemi, il m'a prévenu. Revenez, au nom de Dieu, si vous le pouvez encore ! »
À 15 heures alors que les Français sont prêts à organiser la retraite, Desaix arrive, enfin, avec environ 10 000 hommes répartis en deux divisions :
Division Monnier (adjudant-général Girard) :
Brigade Schilt :
19e régiment d'infanterie légère sous les ordres de Bourgeois
70e régiment d'infanterie de ligne sous les ordres de Rouyer (1460 h)
Brigade Saint-Cyr :
72e régiment d'infanterie de ligne sous les ordres de Mercier (1240 h)
Division Boudet ( adjudant général Dalton)
Brigade Musnier :
9e régiment d'infanterie légère (3 bataillons) sous les ordres de Labassée (2014 h)
30e régiment d'infanterie de ligne (3 bataillons) sous les ordres de Lajeunesse (1430 h)
Brigade Guesneau :
59e régiment d'infanterie de ligne (3 bataillons) sous les ordres de Bourdois (1872 h)
Desaix est tué d'une balle en plein c½ur.



